菏泽牡丹栽培已有近千年历史，在中国牡丹发展史上，长盛明、清两代，管领风骚500余年。曹州牡丹园是在明清以来风格不一、大小不等的十几处牡丹园的基础上发展起来的，如清道光年间的赵氏园、桑篱园，创于明代的毛花园，以及当时的铁藜寨花园、大春家花园、军门花园等。菏泽古称曹州，也是我国古代杰出的军事家孙膑、吴起的故里。

　　曹州牡丹园是目前世界面积最大、品种最多的牡丹园。共有牡丹品种1237余个，芍药品种600余个。从北京中南海到全国各大中城市，都植有曹州牡丹园的牡丹、芍药，并远销美、日、韩、英、法、荷兰、等国。

　　2000年，菏泽被中国花卉协会名为“中国牡丹之乡”。2006年，菏泽被评为“中国牡丹城”。中国书法协会名誉主席，著名书法家舒同曾为菏泽牡丹挥毫题下“曹州牡丹甲天下”。菏泽牡丹还曾经被新闻界拍成电视、电影。2012年3月16日,中国花卉协会正式命名菏泽为“中国牡丹之都”,这使得菏泽牡丹有了一个更好的发展平台。新闻记录片《泰山南北》中盛赞：“菏泽牡丹甲天下，天下牡丹出菏泽。”每年4月中旬，牡丹花盛开时，菏泽都要举办“国际牡丹旅游文化节”。

　　2010年，曹州牡丹园提升改造工程完成，举行开园仪式。经过提升改造，牡丹园面积由700亩扩大到1600亩，牡丹总量达到80万株，品种1000多个，种植面积达到600余亩。园内景点从4个增加到39个。同时建设了国内领先水平、全自动控温、控湿的牡丹温室，使国内外来宾365天都可观赏到盛开的牡丹。

　　2008年，曹州牡丹园被山东省旅游局评定为AAAA级旅游风景区。2013年经国家旅游局全国旅游景区质量等级评定委员会组织评定，曹州牡丹园景区被批准为国家AAAA级旅游景区。